Sie gehört im Fachbereich dem Institut für Wirtschaftsforschung und -politik (IERP) an, ist Faculty Member der Bremen International Graduate School of Social Sciences (BIGSSS) und Mitinitiatorin des „Bremer Forschungszentrums für Energiesysteme“ (BEST). Von 2015–2019 war Jutta Günther Internationalisierungsbeauftragte des Fachbereichs Wirtschaftswissenschaft, seit 2017 ist sie Mitglied des Projektbeirats „go diverse“ der Universität Bremen. Sie gehört verschiedenen wissenschaftlichen Beiräten und Arbeitsgruppen auf Bundesebene (BMBF, BMWi, Stifterverband) an. Vor ihrer Zeit in Bremen war sie in leitenden Funktionen am Leibniz-Institut für Wirtschaftsforschung in Halle (IWH) tätig. Weitere Stationen ihrer akademischen Laufbahn waren Jena (Habilitation), Oldenburg und Osnabrück (Studium, Promotion) mit Auslandsaufenthalten unter anderem in den USA, Japan, Norwegen und Russland.