Sein Schwerpunkt ist die digitale Mediennutzungsforschung anhand computergestützter Analysemethoden, etwa zur Erforschung von Hate Speech und der Rolle algorithmischer Personalisierung in der Nachrichtennutzung. Zwischen 2014 und 2015 vertrat Puschmann eine Professur für Kommunikationswissenschaft mit Schwerpunkt Digitale Kommunikation an der Zeppelin Universität Friedrichshafen. Nachdem er von März bis September 2016 im Rahmen des Projekts „Networks of Outrage: Mapping the emergence of new extremism in Europe“ am Alexander von Humboldt-Institut für Internet und Gesellschaft arbeitete, wechselte er 2016 an das Leibniz-Institut für Medienforschung. Gastwissenschaftler war Cornelius Puschmann unter anderem am Oxford Internet Institute der University of Oxford und am Berkman Klein Center for Internet and Society der Harvard University.