In Forschung und Lehre beschäftigt sich Anja Becker mit lyrischen und epischen Dialogen, mit Metaphern in Heilig-Geist-Texten, mit niederdeutschen Gebeten und Liedern sowie mit Fragen der historischen Erzählforschung. An der deutschen Literatur, die zwischen 800 und 1600 entstanden ist, fasziniert sie das komplexe Verhältnis von Bekanntem und Fremdem. Wie kann man auf Fremdes eingehen, ohne es dabei schon durch die Art der Hinwendung sogleich wieder einzuhegen? Diese, auf aktuelle gesellschaftliche Herausforderungen übertragbare Problemstellung steht im Zentrum ihres Nachdenkens über vormoderne Literatur. Als erste in ihrer Familie, die studiert hat, möchte sie zudem dazu beitragen, dass sich niemand aufgrund seiner Herkunft an der Universität fremd fühlt.