Im Fachbereich Wirtschaftswissenschaft hat er die Leitung des Arbeitsgebietes „Digital Business, insb.. Management der digitalen Transformation“ übernommen.

In seiner Forschung befasst er sich vor allem mit der Frage, wie Menschen mit digitaler Technologie so umgehen lernen, dass sie ihre Routinen innovative weiterentwickeln können – im betrieblichen Kontext und darüber hinaus. Neben Themen wie Technologie-, Organisations- und Aufgabengestaltung stehen dabei insbesondere individuelle Lern- und Anpassungsprozesse im Vordergrund. Ergänzend dazu erforscht Benjamin Müller den Themenbereich digitale Unternehmensverantwortung, in dem es vor allem um die nachhaltige und verantwortungsvolle Entwicklung und Nutzung von Technologie geht. Diese Themen prägen auch sein Engagement in der Lehre der BWL und Wirtschaftsinformatik an der Universität Bremen. Vor seiner Zeit in Bremen arbeitete Benjamin Müller in Lausanne (CH), Groningen (NL) und Mannheim.